Nel corso del 2012, UNIMORE ha riorganizzato le proprie strutture didattiche e di ricerca in base alle indicazioni della Legge Gelmini. Sono state attivate le nuove strutture organizzative denominate Dipartimenti ed è stata attivata una struttura di raccordo interdipartimentale, denominata Facoltà di Medicina e Chirurgia che coordina le attività didattiche dei tre Dipartimenti di Area Medica:
• CHIMOMO - Dipartimento Chirurgico, Medico, Odontoiatrico e di Scienze Morfologiche con interesse trapiantologico, oncologico e di medicina rigenerativa  
• NEUBIOMET – Dipartimento di Scienze Biomediche, Metaboliche e Neuroscienze
• SMECHIMAI – Dipartimento di Scienze Mediche e Chirurgiche Materno-Infantili e dell’Adulto
La didattica ha il suo cuore nel Centro Servizi Didattici, situato presso il Policlinico dell’Azienda Ospedaliero-Universitaria di Modena, che rappresenta un punto di eccellenza dell’Ateneo per le dotazioni tecnologiche e per la varietà di servizi che possono essere messi a disposizione.
La didattica si sviluppa anche nelle corsie degli Ospedali, negli ambulatori, nei laboratori di diagnostica e ricerca, nei servizi sul territorio, ed infine nei due nuovi centri di simulazione ad alta tecnologia FASiM (Centro di Formazione Avanzata e Simulazione Medica) e COSMO (Centro di Formazione e Simulazione in Odontoiatria), sedi di una formazione che trova nella pratica clinica uno dei suoi momenti più importanti. Gli Ospedali dove, prevalentemente, si svolge l’integrazione della formazione e ricerca, sono: 
• Azienda ospedaliero-universitaria di Modena – AOU (Policlinico di Modena e Ospedale Civile di Baggiovara - OCSAE);
• Azienda USL di Modena;
• Arcispedale Santa Maria Nuova di Reggio Emilia – IRCCS.
All’interno della Facoltà la didattica, l’assistenza e la ricerca accompagnano i futuri laureati lungo tutto il percorso della loro vita universitaria e professionale.